金银篇（漫画8——15卷）
故事舞台：城都和关东地区。
故事梗概：
四天王事件后过了一年，若叶镇的金在空木博士的研究所里碰见了正在**灵的银。借助自大木博士处得到的精灵图鉴和在空木博士处得到的火球鼠，金追踪银的过程中发现了假面人的阴谋。与此同时大木博士派出了正在收集精灵图鉴的“捕获专家”水晶涉足了米那君的捕获水君的计划，并正要自己行动。随金银篇（漫画8——15卷）
故事舞台：城都和关东地区。
故事梗概：
四天王事件后过了一年，若叶镇的金在空木博士的研究所里碰见了正在**灵的银。借助自大木博士处得到的精灵图鉴和在空木博士处得到的火球鼠，金追踪银的过程中发现了假面人的阴谋。与此同时大木博士派出了正在收集精灵图鉴的“捕获专家”水晶涉足了米那君的捕获水君的计划，并正要自己行动。随后，水晶被卷入了假面人捕捉洛奇亚和凤王的计划，而更惊人的是假面人是道馆训练家之一。而围绕着九年前的大鸟事件。小赤、小绿、小蓝和小黄也先后来到城都地区。七个图鉴所有者在此集合对抗假面人！
具体时间轴：
黄篇之后又过了两年。
事件一：城都地区若叶镇的不良少年金（11岁）【初始精灵：长尾怪手，蚊香蝌蚪】，偶然的遇到了在空木研究所偷窃小距鳄的银，【初始精灵：狃拉】。为了夺回小距鳄，金得到了火球鼠的帮助。
事件二：计划窃取空木研究所研究资料的火箭队的残余分子插手了金和银的战斗。金被打昏，银将其击退。
事件三：金遇到了大木博士，被告知大木博士制作的城都图鉴被银偷走了一个。金也得到了城都图鉴，正式开始了追寻银的旅程。
事件四：金在喇叭芽之塔遇到了银，战斗不敌银，让银逃跑，银的小距鳄进化成了蓝鳄。
事件五：金在桔梗市抓住了向日种子，帮助桔梗道馆的首领阿速抓住了盔甲鸟。
事件六：金与在阿鲁夫遗迹遇到了桧皮镇的道馆首领阿笔，并与阿笔一起击退了阿鲁夫遗迹的火箭队残党。
事件七：金得到了空木博士送过来的神秘的蛋。
事件八：银在桧皮镇拜托钢铁先生制作重量球捕捉圈圈熊，并用圈圈熊击退了呆呆兽之井的火箭队残党。
事件九：金在桐树林遇到了假面人，然后狼狈战败，逃跑。
事件十：金的神秘的蛋在小金市孵化，是个性格非常不好的波可比。
事件十一：金来到了饲养屋，训练之后火球鼠进化成了火岩鼠。
事件十二：圆朱市的发生地震，浅葱市道馆首领阿蜜经过这里时遇难。饲养屋婆婆叫金去救阿蜜，同时给了金王者之证。
事件十三：银来到圆朱市玲玲塔调查凤王，途中发现了遇难的阿蜜，金也来到了玲玲塔，和银联手一起趁塔陷落前救出了阿蜜，金银两人却被困在塔里。
事件十四：金的蚊香蝌蚪进化成蚊香蛙，之后带上王者之证与银通信进化成了牛蛙君，利用喷泉的力量逃了出去。
事件十五：金银发现造成圆朱市地震的罪魁祸首是火箭队残党，他们的目的是调查凤王的归巢现象，两人合力将其击退。
事件十六：金正式向银提出挑战，战斗后被打败，不过也得到了银的承认。银告诉金自己是为了阻止聚集火箭队残党的那个幕后黑手的目的，为了这个他可以不择手段。
事件十七：关东地区，常磐市。钓鱼大叔邀请小黄去城都地区调查九点前的大鸟事件，这时的小黄队伍里多了一只母的皮卡丘。
事件十八：金追踪银来到了愤怒之湖，银捕捉了红色暴鲤龙，此时，假面人出现。
事件十九：假面人是九年前大鸟事件的真凶，并且银和小蓝都是那时被抓走的儿童，同时也是火箭队残党的新首领。了解到这一切的金决定和银一起打倒假面人。
事件二十：金银被假面人击败，冻成冰块沉入了愤怒之湖的湖底。
事件二十一：关东地区，小赤通过了常磐市道馆首领的资格考试，但却因为四天王时造成的伤痕辞退了道馆首领，并将其让给了小绿。
事件二十二：小绿告诉小赤去白银山可以治疗伤痕，小赤临走前将自己的皮卡丘托付给了小黄。雌雄皮卡丘的感情似乎很好。
事件二十三：大木博士制作的城都图鉴还有一个，为了凑集其城都图鉴，他寻求了捕获高手水晶【初始精灵：天然雀，可拉可拉，派拉斯特，艾比郎，风速狗，迷唇娃】的帮助。
事件二十四：空木博士的菊草叶自愿加入水晶的队伍，迷唇娃送走。
事件二十五：封印在圆朱市烧焦塔的雷公炎帝水君被小黄释放，三圣君开始四处寻找道馆首领挑战。
事件二十六：水君挑战烟墨市道馆首领小桩获胜，水君挑战圆朱市道馆首领小松获胜，水君挑战湛蓝市道馆首领阿四获胜。
事件二十七：水晶遇到了水君，并遇到了同样想捕获水君的米那君。
事件二十八：火箭队残党同样想捕捉水君，为了阻止这次行动，水晶和米那君联合行动。米那君阻挡了火箭队的中队长们，水晶则在玲玲塔再次遇到了水君。
事件二十九：水晶捕获水君失败，修行后，菊草叶进化成了月桂叶。
事件三十：水君挑战浅红市道馆首领阿杏胜利，水君挑战桧皮镇道馆首领阿笔胜利。
事件三十一：桔梗市道馆首领阿速遇到了雷公炎帝水君在三只精灵交换情报，想其挑战并战败。
事件三十二：马志士调查聚集火箭队残余分子的幕后主使，并在乔基镇的地底下遇到了假面人。马志士向假面人挑战，最后失败，逃走了。
事件三十三：马志士在愤怒之湖发现了湖底冻成冰块的红色暴鲤龙和旅游行李。
事件三十四：水晶在浅葱市与小黄相遇，并准备去漩涡列岛调查九年前的大鸟事件。
事件三十五：精灵理事拜访乔基道馆首领的古柳老人，古柳老人展示了远超过其他首领的精灵技巧。
事件三十六：马志士调查到行李主人所在的地点在漩涡列岛，也往漩涡列岛前进。【本文剧情衔接点】
事件三十七：金银在漩涡列岛苏醒，根据回忆似乎是炎帝救了他们。
事件三十八：马志士找到了金银，并将行李还给他们以获取假面人的情报。
事件三十九：洛奇亚袭来，打断了水晶和小黄乘坐的渔船。金银救下水晶，城都图鉴三人在此集合，并合力对抗洛奇亚。金得到了巨翅飞鱼，并且月桂叶，蓝鳄和火岩鼠纷纷进化成最终形态。
事件四十：洛奇亚被假面人抢先捕捉。
事件四十一：银独自离开，并通过漩涡列岛的暗道找到了渡。
事件四十二：水君找到了小霞认其为主人，告诉小霞有着巨大的阴谋正准备展开，想和小霞一同作战。
事件四十三：为了不让徽章的力量像以前一样遭到利用，精灵联盟定下了“得到八个徽章之后无条件参加精灵联盟总决赛的权利”，联盟大赛逐渐走向改革。同时，精灵联盟调查发现假面人其实是道馆首领之一，为了找到假面人的真面目，联盟将所有道馆首领集合在了石英高原举办了对抗赛。
事件四十四：精灵联盟暗中拜托大木博士推荐的金和水晶在现场调查假面人的真面目。
事件四十五：炎帝与夏伯一起作战，雷公与马志士一起作战。
事件四十六：银从渡那里得知假面人真正的目的是操纵时间。赶到石英高原后却被小蓝用瞬间移动强制送走。
事件四十七：火箭队残党袭击石英高原，为了防止现场混乱，道馆首领把残党们压制进了磁悬浮列车中，但是却被突然发动列车带着离开了石英高原。
事件四十八：假面人捕捉凤王成功，并趁着训练馆首领被带走的瞬间操纵洛奇亚和凤王袭击石英高原。
事件四十九：金和水晶奋力抵抗，却被打败。假面人夺走了钢铁先生的制球秘籍，准备利用彩虹羽毛和银色羽毛制作“捕捉时间的精灵球”（和TV动画的GS球差不多）。
事件五十：马志士小霞夏伯操纵着雷公水君炎帝对抗假面人，假面人无心恋战，直接逃跑飞往桐树林。
事件五十一：金追踪假面人来到了桐树林，向日种子进化成了向日花怪，打破了假面人的假面，露出了真面目，古柳老人。
事件五十二：小蓝为了解决九年前的事件，暗中调查来到了桐树林。却发现银独自来到了这里，并被假面人的爪牙，一树和梨花打败。
事件五十三：被带走的道馆训练家们被小赤所救，小赤和小绿会和，在娜姿的帮助下朝着桐树林前进。
事件五十四：一树和梨花叫来了凤王和洛奇亚助阵，小蓝叫出了三圣鸟与之对抗，途中与小赤小绿会和，一同对战假面人的爪牙。最终解放了凤王和洛奇亚。
事件五十五：小黄和钓鱼大叔漂流到了饲养屋，两只皮卡丘竟然生了一个蛋。但是火箭队残党袭来，中途与皮卡丘们丢散。
事件五十六：古柳成功制造出了“捕捉时间的精灵球”（GS球），并逃往时空中。金为了掩护皮卡丘们的蛋而慢了一步，最后通过金的手孵化出来的皮丘竟然可以用电击打开时空隧道！
事件五十七：石英高原，小霞马志士夏伯受伤严重，水晶带着水君雷公炎帝继续前进。
事件五十八：古柳为了捕捉雪拉比来到了桐树林最深处的门，与此同时小赤小绿小蓝小黄银和水晶都赶了过来。
事件五十九：古柳想办法将图鉴所有者们困住，用GS球捕捉了雪拉比，并开始了时空的穿越。
事件六十：同样在时空隧道的金此时和外面的银和水晶会和一起追踪古柳。
事件六十一：集合图鉴所有者所有的力量，金的皮丘使出了高压电击打赢了古柳。
事件六十二：古柳迷失在了时空隧道中，而金银和水晶顺利的回到了现实世界。金银篇完结。
金的队伍：火暴兽，长尾怪手，牛蛙君，向日花怪，巨翅飞鱼，胡说树【波可比和皮丘】
银的队伍：大力鳄，狃拉，刺龙王，暴鲤龙，圈圈熊，黑暗鸦。
水晶的队伍：大菊花，迷唇娃，艾比郎，派拉斯特，风速狗，天然雀。
后，水晶被卷入了假面人捕捉洛奇亚和凤王的计划，而更惊人的是假面人是道馆训练家之一。而围绕着九年前的大鸟事件。小智、小茂、小蓝和小黄也先后来到城都地区。七个图鉴所有者在此集合对抗假面人！
具体时间轴：
黄篇之后又过了两年。
事件一：城都地区若叶镇的不良少年金（11岁）【初始精灵：长尾怪手，蚊香蝌蚪】，偶然的遇到了在空木研究所偷窃小距鳄的银，【初始精灵：狃拉】。为了夺回小距鳄，金得到了火球鼠的帮助。
事件二：计划窃取空木研究所研究资料的火箭队的残余分子插手了金和银的战斗。金被打昏，银将其击退。
事件三：金遇到了大木博士，被告知大木博士制作的城都图鉴被银偷走了一个。金也得到了城都图鉴，正式开始了追寻银的旅程。
事件四：金在喇叭芽之塔遇到了银，战斗不敌银，让银逃跑，银的小距鳄进化成了蓝鳄。
事件五：金在桔梗市抓住了向日种子，帮助桔梗道馆的首领阿速抓住了盔甲鸟。
事件六：金与在阿鲁夫遗迹遇到了桧皮镇的道馆首领阿笔，并与阿笔一起击退了阿鲁夫遗迹的火箭队残党。
事件七：金得到了空木博士送过来的神秘的蛋。
事件八：银在桧皮镇拜托钢铁先生制作重量球捕捉圈圈熊，并用圈圈熊击退了呆呆兽之井的火箭队残党。
事件九：金在桐树林遇到了假面人，然后狼狈战败，逃跑。
事件十：金的神秘的蛋在小金市孵化，是个性格非常不好的波可比。
事件十一：金来到了饲养屋，训练之后火球鼠进化成了火岩鼠。
事件十二：圆朱市的发生地震，浅葱市道馆首领阿蜜经过这里时遇难。饲养屋婆婆叫金去救阿蜜，同时给了金王者之证。
事件十三：银来到圆朱市玲玲塔调查凤王，途中发现了遇难的阿蜜，金也来到了玲玲塔，和银联手一起趁塔陷落前救出了阿蜜，金银两人却被困在塔里。
事件十四：金的蚊香蝌蚪进化成蚊香蛙，之后带上王者之证与银通信进化成了牛蛙君，利用喷泉的力量逃了出去。
事件十五：金银发现造成圆朱市地震的罪魁祸首是火箭队残党，他们的目的是调查凤王的归巢现象，两人合力将其击退。
事件十六：金正式向银提出挑战，战斗后被打败，不过也得到了银的承认。银告诉金自己是为了阻止聚集火箭队残党的那个幕后黑手的目的，为了这个他可以不择手段。
事件十七：关东地区，常磐市。钓鱼大叔邀请小黄去城都地区调查九点前的大鸟事件，这时的小黄队伍里多了一只母的皮卡丘。
事件十八：金追踪银来到了愤怒之湖，银捕捉了红色暴鲤龙，此时，假面人出现。
事件十九：假面人是九年前大鸟事件的真凶，并且银和小蓝都是那时被抓走的儿童，同时也是火箭队残党的新首领。了解到这一切的金决定和银一起打倒假面人。
事件二十：金银被假面人击败，冻成冰块沉入了愤怒之湖的湖底。
事件二十一：关东地区，小智通过了常磐市道馆首领的资格考试，但却因为四天王时造成的伤痕辞退了道馆首领，并将其让给了小茂。
事件二十二：小茂告诉小智去白银山可以治疗伤痕，小智临走前将自己的皮卡丘托付给了小黄。雌雄皮卡丘的感情似乎很好。
事件二十三：大木博士制作的城都图鉴还有一个，为了凑集其城都图鉴，他寻求了捕获高手水晶【初始精灵：天然雀，可拉可拉，派拉斯特，艾比郎，风速狗，迷唇娃】的帮助。
事件二十四：空木博士的菊草叶自愿加入水晶的队伍，迷唇娃送走。
事件二十五：封印在圆朱市烧焦塔的雷公炎帝水君被小黄释放，三圣君开始四处寻找道馆首领挑战。
事件二十六：水君挑战烟墨市道馆首领小桩获胜，水君挑战圆朱市道馆首领小松获胜，水君挑战湛蓝市道馆首领阿四获胜。
事件二十七：水晶遇到了水君，并遇到了同样想捕获水君的米那君。
事件二十八：火箭队残党同样想捕捉水君，为了阻止这次行动，水晶和米那君联合行动。米那君阻挡了火箭队的中队长们，水晶则在玲玲塔再次遇到了水君。
事件二十九：水晶捕获水君失败，修行后，菊草叶进化成了月桂叶。
事件三十：水君挑战浅红市道馆首领阿杏胜利，水君挑战桧皮镇道馆首领阿笔胜利。
事件三十一：桔梗市道馆首领阿速遇到了雷公炎帝水君在三只精灵交换情报，想其挑战并战败。
事件三十二：马志士调查聚集火箭队残余分子的幕后主使，并在乔基镇的地底下遇到了假面人。马志士向假面人挑战，最后失败，逃走了。
事件三十三：马志士在愤怒之湖发现了湖底冻成冰块的红色暴鲤龙和旅游行李。
事件三十四：水晶在浅葱市与小黄相遇，并准备去漩涡列岛调查九年前的大鸟事件。
事件三十五：精灵理事拜访乔基道馆首领的古柳老人，古柳老人展示了远超过其他首领的精灵技巧。
事件三十六：马志士调查到行李主人所在的地点在漩涡列岛，也往漩涡列岛前进。【本文剧情衔接点】
事件三十七：金银在漩涡列岛苏醒，根据回忆似乎是炎帝救了他们。
事件三十八：马志士找到了金银，并将行李还给他们以获取假面人的情报。
事件三十九：洛奇亚袭来，打断了水晶和小黄乘坐的渔船。金银救下水晶，城都图鉴三人在此集合，并合力对抗洛奇亚。金得到了巨翅飞鱼，并且月桂叶，蓝鳄和火岩鼠纷纷进化成最终形态。
事件四十：洛奇亚被假面人抢先捕捉。
事件四十一：银独自离开，并通过漩涡列岛的暗道找到了渡。
事件四十二：水君找到了小霞认其为主人，告诉小霞有着巨大的阴谋正准备展开，想和小霞一同作战。
事件四十三：为了不让徽章的力量像以前一样遭到利用，精灵联盟定下了“得到八个徽章之后无条件参加精灵联盟总决赛的权利”，联盟大赛逐渐走向改革。同时，精灵联盟调查发现假面人其实是道馆首领之一，为了找到假面人的真面目，联盟将所有道馆首领集合在了石英高原举办了对抗赛。
事件四十四：精灵联盟暗中拜托大木博士推荐的金和水晶在现场调查假面人的真面目。
事件四十五：炎帝与夏伯一起作战，雷公与马志士一起作战。
事件四十六：银从渡那里得知假面人真正的目的是操纵时间。赶到石英高原后却被小蓝用瞬间移动强制送走。
事件四十七：火箭队残党袭击石英高原，为了防止现场混乱，道馆首领把残党们压制进了磁悬浮列车中，但是却被突然发动列车带着离开了石英高原。
事件四十八：假面人捕捉凤王成功，并趁着训练馆首领被带走的瞬间操纵洛奇亚和凤王袭击石英高原。
事件四十九：金和水晶奋力抵抗，却被打败。假面人夺走了钢铁先生的制球秘籍，准备利用彩虹羽毛和银色羽毛制作“捕捉时间的精灵球”（和TV动画的GS球差不多）。
事件五十：马志士小霞夏伯操纵着雷公水君炎帝对抗假面人，假面人无心恋战，直接逃跑飞往桐树林。
事件五十一：金追踪假面人来到了桐树林，向日种子进化成了向日花怪，打破了假面人的假面，露出了真面目，古柳老人。
事件五十二：小蓝为了解决九年前的事件，暗中调查来到了桐树林。却发现银独自来到了这里，并被假面人的爪牙，一树和梨花打败。
事件五十三：被带走的道馆训练家们被小智所救，小智和小茂会和，在娜姿的帮助下朝着桐树林前进。
事件五十四：一树和梨花叫来了凤王和洛奇亚助阵，小蓝叫出了三圣鸟与之对抗，途中与小智小茂会和，一同对战假面人的爪牙。最终解放了凤王和洛奇亚。
事件五十五：小黄和钓鱼大叔漂流到了饲养屋，两只皮卡丘竟然生了一个蛋。但是火箭队残党袭来，中途与皮卡丘们丢散。
事件五十六：古柳成功制造出了“捕捉时间的精灵球”（GS球），并逃往时空中。金为了掩护皮卡丘们的蛋而慢了一步，最后通过金的手孵化出来的皮丘竟然可以用电击打开时空隧道！
事件五十七：石英高原，小霞马志士夏伯受伤严重，水晶带着水君雷公炎帝继续前进。
事件五十八：古柳为了捕捉雪拉比来到了桐树林最深处的门，与此同时小智小茂小蓝小黄银和水晶都赶了过来。
事件五十九：古柳想办法将图鉴所有者们困住，用GS球捕捉了雪拉比，并开始了时空的穿越。
事件六十：同样在时空隧道的金此时和外面的银和水晶会和一起追踪古柳。
事件六十一：集合图鉴所有者所有的力量，金的皮丘使出了高压电击打赢了古柳。
事件六十二：古柳迷失在了时空隧道中，而金银和水晶顺利的回到了现实世界。金银篇完结。
金的队伍：火暴兽，长尾怪手，牛蛙君，向日花怪，巨翅飞鱼，胡说树【波可比和皮丘】
银的队伍：大力鳄，狃拉，刺龙王，暴鲤龙，圈圈熊，黑暗鸦。
水晶的队伍：大菊花，迷唇娃，艾比郎，派拉斯特，风速狗，天然雀。