此时，辉夜开始发起攻击，二人联手抗敌。黑绝对二人诉说了辉夜的过去，承认自己挑唆因陀罗对抗阿修罗、篡改羽衣留给一族石碑内容等行为，而这一切都是为复活辉夜。
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辉夜强大的实力前所未见，但两人的实力也有点超出了辉夜的预计。黑绝提议实行各个击破，于是辉夜单独将佐助转移至沙漠世界。佐助使出浑身解数也无法离开异空间，而此时樱和带土合力开启了空间通道呼唤佐助，佐助在最后时刻使用“天手力”瞬间与远处空间互换位置，成功离开沙漠与鸣人重新汇合。
看到二人再度联手，辉夜也开始担心起来，于是她发动了超重力空间，使出绝招“共杀灰骨”打算结束战斗。带土为保护二人而牺牲，但也为佐助的瞳力恢复争取了宝贵的时间，同时激发了鸣人的斗志，并且还在自己死后将查克拉附着于卡卡西身上，使其短时间内拥有万花筒的能力。最终第七班在卡卡西的指挥下，进行了最后一次完美的配合，封印了辉夜。
大战结束，但佐助并未就此和鸣人一起解除无限月读，而是扬言要将现任五影处以极刑，接着使用幻术和地爆天星封印了九大尾兽。鸣人决定出面制止佐助，两人前往终末之谷展开宿命的最终决战。佐助否认了鸣人追求和平的方式，认为要真正实现和平，应独自背负着全世界的仇恨，使忍界有一个公敌，才能让人们团结起来。而鸣人是他现存唯一的羁绊。只有亲手杀死鸣人，才能完成他的这一目标。
经过一天一夜的激烈鏖战，二人均失去了半只手臂，而且都身受重伤不支倒地。面对如此坚持制止他的鸣人，佐助表示自己对于鸣人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了结来赎罪，鸣人则告诉佐助自己早已将他视为朋友，所以无论如何都会分担他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助继而回忆起迄今为止和鸣人邂逅的点点滴滴，最后笑着承认鸣人才是这场对决里真正的赢家。
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之后樱和卡卡西抵达终末之谷，为重伤倒地的二人疗伤。佐助首次坦然接受内心感情，为先前所铸下的错误向樱致歉，并且和鸣人一起解开了无限月读，救出了深陷幻术中的世人。
返回村里休养直至康复后，佐助告知卡卡西和樱他即将再度启程，远行他方看一看曾经因为自己被仇恨蒙蔽了双眼而错过的人和事。佐助婉拒了樱希望与之同行的请求，并答应自己会再度归来。才离村没多久，鸣人出现在佐助的面前，交还当初被自己用螺旋丸划过的木叶护额。佐助收下护额，承诺履行忍者的职责，两人就此告别。
多年以后，佐助与樱成为夫妻，两人育有一女——宇智波佐良娜。成年后的佐助，是不佩戴护额的独立忍者，但是在五大村中有着较高的地位。为了进一步调查辉夜之谜，佐助长期在外，自女儿懂事后便没回过家，这引起了女儿的不满。
某天，佐良娜决定去见见自己的父亲，于是跟在第七代火影——漩涡鸣人身后离开了村子，最后在峠塔见到了佐助。经过一系列的误会、开导和谅解后，佐良娜的心终于再次与父母连在了一起。在和家人短暂相聚后，佐助带上承载着家人之爱的便当再次出发，佐良娜则下决心要当上火影。
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在辉夜的异空间执行任务的佐助，发现新的敌人大筒木桃式正在逼近，于是来到鸣人处商讨对策。此时，鸣人长子博人听闻佐助是“鸣人唯一的对手”，为了知晓父亲的弱点而请求佐助收自己为徒。深明朋友状况的佐助在提出了“先学会螺旋丸”的条件后，约定成为博人的师父。
博人因在中忍考试中作弊而被削除下忍资格，忍者护额也被鸣人没收。这时桃式来袭，鸣人为保护村子而被抓。同样曾被削除了下忍资格的佐助，在博人的身上看见了鸣人的身影，于是将自己少时被鸣人用螺旋丸划上叛忍象征的护额赠给博人。接着，佐助带着博人和四影进入异空间解救鸣人。最终在佐助与鸣人的引导下，博人成功消灭了桃式。从此博人决定要成为像佐助一样暗中守护村子的人，协助选择成为火影的佐良娜。
身为佐助的老婆，春野樱在一定程度上对佐助有着很大的帮助。
春野樱，新一代医疗忍者，五代目火影纲手的弟子，与漩涡鸣人、宇智波佐助隶属于旗木卡卡西领导的第七班。
原本个性柔弱任性，在木叶忍者学校以忍术理论知识见长。在佐助离开木叶村后，拜第五代火影纲手为师，学成优秀的体术怪力和医疗忍术。第四次忍界大战中作为忍者联军第三部队以及医疗后勤部队的一员。
具有良好的查克拉控制能力与清晰的脑力，擅长体术怪力与医疗忍术以及解除幻术（拥有幻术天赋，早期设定是幻术型忍者）。经过自己艰苦卓绝的努力奋斗，最终成长为一个贯彻自己座右铭“勇气”的优秀忍者。
忍界大战结束若干年后，长大成人的樱已经成为木叶高层干部，并与佐助结婚，两人育有一女——宇智波佐良娜。
樱的家族徽是白圈，白色代表的是纯净，不受污染。
意思就是“不经历时间的磨练，是没有办法把圆画圆的。只有经过了时间的磨练，处世待物才能变的更加好，也就是说时间磨练一切。”
春野樱与漩涡鸣人及宇智波佐助同属下忍中的第七组。迷恋佐助，性格刚强、也有柔弱的一面。另外，特别的是在她精神国度内，有另外一个自己，而且性格跟现实的自己出入更大，隐藏其更暴力、更可怕的一面，对着漩涡鸣人与佐助更长呈现，火影忍者疾风传后，樱的双重性格逐渐隐去。但不管如何，她对朋友始终是真诚对待，有需要时更连自己的生命都可以付出。