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天启二年(1622)六月，荷兰人第二次占领澎湖，不断向明朝要胁通商，在双方陆续展开的谈判中，明人已提议荷兰人退出澎湖迁往台湾来交换通商，据英国东印度公司档案1923年2月23日由Bat**ia寄呈董事会之信件称：「中国使节向荷兰人提议：荷兰人如愿放弃澎湖群岛。而迁往台湾，则可准其通商；该公使亦曾向我方提议，如我方愿往台湾，亦可同样通商」，但荷兰人因已在澎湖辛苦打下根基，不肯退让，福建巡抚南居益乃上奏驱荷，於天启四年(1624)正月开始进攻澎湖，以兵船两百艘，拥众万人之势对付只有军舰十三艘，军队九百馀名的荷兰人却仍屡攻不下，鏖战八个月後，明朝因已支出军费十七万七千馀两，造成财政困难，而荷兰亦面临孤立无援的窘境，经和谈後，荷兰人撤至台湾，结束这场战役，从而留下最先在台湾建立政府组织的是荷兰人的史实。
关於这段历史，不少学者慨叹明人的颟顸无知，让荷兰人拥有先占台湾的机会而不自知，但大都语焉不详，或略而不谈，据我手上现有资料，以陈水源着【台湾历史的轨迹】论述最详细，於该书p106、p134引用【巴达维亚城日记】及p86引用肯贝尔Campbell【荷兰人在福尔摩萨ForheDutch】，其中【巴城日记】的资料尤为可信。此外林子侯所撰【台湾涉外关系史】亦颇详尽，值得叁考。
【巴达维亚城日记】纪录当时由海寇李旦居中协调，达成退军的条件是：
(一)荷兰从澎湖岛撤离
(二)明朝对荷兰占领台湾不表异议
(三)保障荷兰与中国通商
中国的文献虽然都只提到荷人撤军是南居益力战之功，但也留下默许荷军占领台湾的蜘丝马迹，顾祖禹【读史方舆记要】卷九十九提到「总兵俞咨皋者，用间移红夷於北港(台湾别名)，乃复得澎湖」说明双方约以荷兰如放弃澎湖，则明朝对其占领台湾不表异议。
此举反映出明人经长期闭关自守、实施海禁之後，不了解国际情势的转变，心目中仍只有澎湖，认为台湾既然不在版图之内，被荷兰人先占了也无关紧要。